Dwa zespoły, które miały szansę zagrać w eliminacjach do LM i LE nie otrzymały licencji UEFA. Tym samym wyjaśniło się, że w sezonie 2016/2017 nie będziemy mieli drużyn z 55 krajów. 

W takiej sytuacji liczba zespołów w pierwszej rundzie eliminacji do LE wyniesie 96 zamiast 98.

Ponad to w II rundzie eliminacji zagra zdobywca pucharu Słowenii - Maribor, który miał grać od I rundy eliminacji.